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      DNA親和純化測序技術(DAP-seq)——近期發表的文章

      更新時間:2022-12-23   點擊次數:2087次

      在功能基因組學和表觀遺傳學研究中,轉錄因子結合位點(TFBS)的發掘一直是研究熱點。傳統的ChIP-seq(染色質免疫共沉淀測序)方法,在抗體質量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而,好的抗體可遇不可求,這限制了ChIP-seq更廣泛的應用。

      DAP-seq技術的出現,使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質量的限制,為生命科學領域轉錄因子的研究提供了新的有效工具。

      藍景科信為您提供DAP-seq全流程技術服務和個性化數據分析,具有100多個物種,500多個轉錄因子的實戰經驗。歡迎咨詢。


      已做物種

      植物:

      擬南芥、莖瘤芥、甘藍型油菜、白菜型油菜、不結球白菜、菜心、小麥、大麥、花生、辣椒、番茄、草莓、黃花棘豆、苦蕎、紅薯、木薯、馬鈴薯、普通煙草、人參、鴨茅、yingsu、甘蔗、短芒大麥草、二色補血草、煙草、百脈根、芍藥、丹參、狗尾草、菠菜、玉米、大豆、高粱、藜麥、陸地棉、甜瓜、黃瓜、葡萄、灰氈毛忍冬、粉葛、三葉青、獼猴桃、香蕉、蒺藜苜蓿、紫花苜蓿、伴礦景天、苔蘚、地錢、毛果楊、717楊、84K楊、小黑楊、胡楊、山新楊、小葉楊、歐美楊、大青楊、毛白楊、剛毛檉柳、白樺、光皮樺、油松、毛竹、麻竹、銀杏、油桐、荔枝、柑橘、甜橙、歐洲云杉、核桃、柿子、閩楠、木荷、臍橙、板栗、棗、枳、杜梨、蘋果、桃、櫻桃、麻瘋樹、茶樹、梅、月季、海島棉

      動物:

      驢、飛蝗、新孢子蟲

      真菌:

      擬輪枝鐮孢菌、豬苓真菌、意大利青霉、草酸青霉、腐霉、金黃殼囊孢、靈芝、糙皮側耳、草菇、灰蓋鬼傘、蟲草、亞洲鐮刀菌

      細菌:

      路德維希腸桿菌、嗜熱厭氧桿菌、生氮假單胞菌、伯克赫爾德氏菌、布魯氏菌、肺炎克雷伯菌


      以下是近期藍景科信的客戶發表的DAP-seq相關文章:


      2022年10月,浙江大學農業與生物技術學院宋鳳鳴課題組的最新研究成果,發表在學術期刊Journal of Integrative Plant Biology(IF=9.106)上,文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了水稻中轉錄因子ONAC083的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了OsNAC083通過結合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉錄,進而負調控水稻對稻瘟病的抗性。


      2022年9月,中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal(IF=13.263)在線發表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究論文,證實了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉錄和轉錄后水平調控過氧化氫酶的活性、影響過氧化氫在葉片表皮不同類型細胞中的分布,從而調控木薯對干旱脅迫的響應。


      2022年8月,廣西大學農學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農業生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在

      Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在線發表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文,該研究發現了一個甘蔗新的AP2家族轉錄因子ScAIL1,通過靶向DELLA調節JA與GA合成,平衡植物生長與防御。



      2022年8月,安徽農業大學、中國水稻研究所和上海市農業科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊聯合發表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,調控OsAPX1的表達,促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發的分子機制。


      2022年8月,揚州大學生物科學與技術學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell(IF=12.085)上在線發表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通過協調紅光和脫落酸(ABA)信號調節氣孔開度的分子機制。


      2022年7月,北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果,在學術期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發表,題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究內容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調控機制。


      2022年5月,中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上發表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中,該研究使用了DNA親和純化測序技術(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)調控的下游靶基因。


      2020年4月,北京工商大學與藍景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)發表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章,為揭示PIFs轉錄因子調控ABA信號轉導機制提供了重要線索。


      2019年9月,北京林業大學和藍景科信合作,在植物學主流學術期刊Journal of Experimental Botany上(IF=5.36),發表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技術,深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。




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